林秋鹏

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林秋鹏 ，首聘教授、硕士生导师/博士生导师。

研究领域：

  实验室研究方向：作物基因组编辑工具开发及种质创新

基因组编辑工具是农业分子育种及科学研究的基础性、战略性工具，为重要性状基因挖掘及优异新种质创制提供了重要的技术手段。本实验室将针对CRISPR/Cas及其衍生工具仍存在的效率、精准性、灵活性等方面问题，运用分子生物学、蛋白质工程、生物信息学等手段，开发植物基础研究普适新方法。在应用层面，将围绕野生稻基因挖掘、作物养分高效利用、作物抗逆性等重要问题，通量挖掘及创制新型基因资源或等位变异，精细调控关键基因表达，从而创制优异新种质。实验室目前主要的研究方向为：

1. 开发基于CRISPR/Cas的基因组编辑调控新方法

2. 通量化手段在CRISPR/Cas系统开发中的应用

      3. 运用新型基因组编辑技术解析及创制优异种质资源

教育经历：

       2010年-2014年华南师范大学生命科学学院生命科学勷勤创新班 学士

       2014年-2017年华南师范大学生命科学学院植物学 硕士

       2017年-2021年中国科学院遗传与发育生物学研究所遗传学 博士

工作经历：

       2021年-2023年中国科学院遗传与发育生物学研究所农学 博士后

       2023年-至今 华南农业大学农学院首聘教授

主要研究成果：

长期致力于植物基因组精准编辑技术的开发，主要围绕挖掘精准编辑的核心元件、开发高效安全的精准编辑体系、并将该技术应用于农业育种及医疗领域等方面开展工作。以第一作者（含共同）在Cell, Nature Biotechnology（四篇）, Natrue Protocols, Molecular Cell, Plant Biotechnology Journal, Journal of Genetics and Genomics等杂志发表多篇论文，累计影响因子超过350。申请PCT国际专利4项，获批发明专利1项。主要学术成果包括：

(1) 建立植物引导编辑技术体系，克服植物精准编辑瓶颈问题

(2) 开发高效pegRNA自动化设计新策略，有效提升引导编辑工作效率

(3) 建立基于人工智能辅助预测结构的蛋白聚类新方法，挖掘具有我国自主知识产权的碱基编辑新系统

(4) 系统评估引导编辑技术体系的特异性，证明该体系在作物育种中的安全性

(5) 建立新型可预测多核苷酸删除系统，开发新型基于调控元件的育种方法

论文著作：#Equal contribution;*correspondence author

1. Huang, J.^#, Lin, Q.^#, Fei, H.^#, He, Z.^#, Xu, H., Li, Y., Qu, K., Han, P., Gao, Q., Li, B., Liu, G., Zhang, L., Hu, J., Zhang, R., Luo, Y., Ran, Y., Qiu, J.L., Zhao, K. T.^*, and Gao, C.^* (2023). Discovery of deaminases functions by structure-based protein clustering. Cell 186, 3182-3195.e14, (Highlighted by Trends in Plant Science; Highlighted by Science Bulletin; Selected by F1000Prime)

2. Lin, Q.^#, Zong, Y.^#, Xue, C.^#, Wang, S., Jin, S., Zhu, Z., Wang, Y., Anzalone, A.V., Raguram, A., Doman, J.L., Liu, D.R., and Gao, C.^* (2020). Prime genome editing in rice and wheat.Nat. Biotechnol. 38, 582-585.(Highlighted by Trends in Plant Science; Selected by F1000Prime)

3. Lin, Q.^#, Jin, S.^#, Zong, Y.^#, Yu, H.^#, Zhu, Z., Liu, G., Kou, L., Wang, Y., Qiu, J.L., Li, J.*, and Gao, C.^* (2021). High-efficiency prime editing with optimized, paired pegRNAs in plants. Nat. Biotechnol. 39, 923-927. (Highlighted by Nature Methods)

4. Jin, S.^#, Lin, Q.^#, Luo, Y.^#, Zhu, Z.^#, Liu, G., Li, Y., Chen, K., Qiu, J.L., and Gao, C.^* (2021). Genome-wide specificity of prime editors in plants. Nat. Biotechnol. 39, 1292-1299. (Highlighted by Nature Methods)

5. Wang, S.^#, Zong, Y.^#, Lin, Q.^#, Zhang, H.^#, Chai, Z., Zhang, D., Chen, K., Qiu,J.L., and Gao, C.^* (2020). Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC-Cas9. Nat. Biotechnol. 38, 1460-1465.

6. Jin, S.^#, Lin, Q.^#, and Gao, C.^* (2023). Optimized prime editing in monocot plants using PlantPegDesigner and engineered plant prime editors (ePPEs). Nat. Protoc. 18, 831-853.

7. Liu, G.^#, Lin, Q.^#, Jin, S.^#, and Gao, C.^* (2022). The CRISPR-Cas toolbox and gene editing technologies. Mol. Cell82, 333-347.

8. Xu, Y.^#, Lin, Q.^#, Li, X., Wang, F., Chen, Z., Wang, J., Li, W., Fan, F., Tao, Y., Jiang, Y., Wei, X., Zhang, R., Zhu, Q.H., Bu, Q.^*, Yang, J.^*, and Gao, C.^* (2021). Fine-tuning the amylose content of rice by precise base editing of the Wx Gene. Plant Biotechnol. J. 19, 11-13.

9. Lin, Q.^#, Zhu, Z.^#, Liu, G.^#, Sun, C., Lin, D., Xue, C., Li, S., Zhang, D., Gao, C., Wang, Y.^*, and Qiu, J.L.^* (2021). Genome editing in plants with MAD7 nuclease. J. Genet. Genomics. 48, 444-451.  (Cover story)

10. Lin, Q.^#, Zhou, Z.^#, Luo, W., Fang, M., Li, M.^*, and Li, H.^* (2017). Screening of proximal and interacting proteins in rice protoplasts by proximity-dependent biotinylation. Front. Plant Sci. 8, 749.

11. Xue, C.^#, Zhang, H.^#, Lin, Q., Fan, R., and Gao, C.^* (2018). Manipulating mRNA splicing by base editing in plants.Sci. China Life Sci. 61, 1293-1300. (Cover story)

12. Jiang, Y.^#, Chai, Y.^#, Lu, M.^#, Han, X., Lin, Q., Zhang, Y., Zhang, Q., Zhou, Y., Wang, X., Gao, C.^*, and Chen, Q.J.^* (2020). Prime editing efficiently generates W542L and S621I double mutations in two ALS genes in maize. Genome Biol. 21, 257.

13. Li, M.^#, Li, X.^#, Zhou, Z., Wu, P., Fang, M., Pan, X., Lin, Q., Luo, W., Wu, G.^*, and Li, H.^* (2016). Reassessment of the Four Yield-related Genes Gn1a, DEP1, GS3, and IPA1 in Rice Using a CRISPR/Cas9 System. Front. Plant Sci.7, 377.

14. 罗婉冰, 林秋鹏, 李晓霞, 周泽娇, 阳辉勇, 杜荣裕, 李洪清.^* (2017). 采用CELⅠ酶粗提物高效鉴定CRISPR/Cas9介导的基因突变. 生物工程学报33, 775-784.

承担科研项目情况：

博士后创新人才支持计划(“博新计划”)，2021-2023，主持

中国博士后科学基金面上资助(一等)，2021-2023，主持

华南农业大学高层次引进人才项目(拔尖人才)，2023-2028，主持